一是加快提高干支流航道等级，实施嘉陵江、乌江、小江等库区重要支流航道开发工程。二是建成主城寸滩、果园、南岸东港和茶园、九龙坡黄谦、万州江南、涪陵黄旗、长寿重钢新厂区、忠县海螺水泥厂等大型专业化码头，到2012年使全市港口货物吞吐能力达到1.4亿吨，集装箱和滚装汽车吞吐能力分别达到300万标箱、160万辆。三是推进船舶标准化进程，到2012年使船舶运力达550万吨，货运量达到1.2亿吨，水运各项主要指标在“十五”末的基础上翻一番，形成以重庆保税港区为依托，航运企业聚集、航运要素市场活跃、配套服务完善的国际贸易与航运服务区。